国家开展的前两次大规模新疆综合科学考察，成果为促进新疆发展做出了重大贡献。第二次科考结束30年来，新疆资源环境与生态在气候变化和人类活动的干预下发生了巨大变化，出现了新问题、新机遇、新挑战，亟需利用现代科学技术手段，面向当前和未来新疆高质量发展的新需求，开展第三次新疆科考。

　　2019年4月，中科院新疆生态与地理研究所专家提出了“关于开展第三次新疆综合科学考察的建议”，得到汪洋主席批示，科技部为此开展项目可行性论证，并上报刘鹤副总理。6月，刘鹤副总理批示“可扎实开展工作”。

　　2019年7月，科技部先期启动了第三次新疆科考预研究项目，为正式科考提供技术支撑。2020年7月，科技部审议通过第三次新疆科考实施方案。2021年初，财政部核准第三次新疆科考预算6.83亿元，科考工作正式进入实质性推进阶段。随后，刘鹤副总理和汪洋主席多次就做好新疆科考工作做出重要批示，科技部志刚部长也赴新疆现场调研第三次新疆科考工作并做出重要指示。

　　目前，第三次新疆科考有序推进，已建立了完善的组织管理架构和工作机制，发布了系列管理制度，并围绕新疆当前发展过程中最为迫切和亟待回答的问题，部署并启动实施了第三次新疆科考首批项目。

　　第三次新疆科考主要任务是以水土平衡与水资源安全为主线，以解决新疆当前及未来面临的资源环境与绿色发展问题为突破口，面向新疆全域考察资源、环境、生态本底及支撑经济社会发展的承载能力，提出新疆未来生态建设和绿色发展战略、路线图，培养长期扎根边疆的科技人才队伍，服务于新疆社会稳定和长治久安。

　　第三次新疆科考采用“5+1+1”的模式开展工作。“5”为五大流域和片区——塔里木河流域、伊犁河流域、额尔齐斯河流域、天山北坡经济带以及吐哈盆地；第一个“1”为重要资源补充考察与新疆科考成果综合集成；另一个“1”为新疆第三次科考数据平台与数据库建设。

　　第三次新疆科考管理组织架构分为管理线、业务线和保障线，分别负责统筹管理、指导实施和服务保障等工作。